中心內設綜合科、信息技術科、歸集管理科、資金運作科、會計核算科、財務審計科、監察室、行政服務處、政策法規科、客戶服務中心，以及崇川區辦事處、開發區辦事處、政務中心辦事處、通州灣辦事處和通州、海安、如皋、如東、海門、啟東十個經辦網點。